中国地震局地壳应力研究所的前身为地质部地震地质大队。
1966年河北邢台地震后，在周恩来总理关怀下，国家计委、国家科委和地质部对地震地质工作统筹安排，在李四光部长的亲自组织和推动下，1966年4月25日地质部下发（66）地办字第50号文宣布地质部地震地质大队成立。地震地质大队为地质部的直属单位，下设华北、西南、西北、中南四个区队。1966～1970年李四光曾10余次接见大队有关领导及业务人员，1970年7月23日李四光还亲赴地震地质大队（河北省三河县）驻地指导工作并参观实验室。
1970年3月25日地质部将地震地质大队交由中国科学院领导。同年5月，将地震地质大队下属的华北、中南、西南、西北区队移交各省（市）地震工作部门领导。
1972年地震地质大队迁至北京市海淀区西三旗。
1972年8月中国科学院办公会议决定，地震地质大队由国家地震局直接领导。
1986年2月6日国家地震局下发（86）震发计字第053号文，将国家地震局地震地质大队更名为国家地震局地壳应力研究所。
1998年3月29日国务院国发〔1998〕5号《国务院关于机构设置的通知》，将国家地震局更名为中国地震局。同年4月20日中国地震局中震发人〔1998〕6号《关于部分机构更名的通知》，将国家地震局地壳应力研究所更名为中国地震局地壳应力研究所。
2000～2002年地壳应力研究所被列为科技部社会公益科研院所管理体制改革试点单位。2002年底～2004年，地壳应力研究所列入科技部、财政部、中编办、中国地震局等部委科技体制改革试点单位。
从1966年地震地质大队成立至2018年，地壳应力研究所已经走过了53年的历程。
